RETINA ANALYZER

Présentation de "RETINA ANALYZER"

Ce Logiciel a été conçu dans le cadre d’une collaboration entre le centre de Morphologie Mathématique de l’Ecole des Mines de Paris et l’unité INSERM 833 du Collège de France. Il offre des outils informatiques robustes capables de traiter de grandes séries d'images et d'obtenir des paramètres exprimant l'effet biologique du traitement appliqué.

Cet outil, utilisant Morph-M, permet de caractériser de manière quantitative le réseau vasculaire présent sur une rétine de souris, modèle privilégié pour la compréhension des mécanismes vasculaires et l’étude de drogues pro et/ou anti-angiogéniques. En effet, les données quantitatives fournies peuvent permettre aux biologistes une analyse structurelle approfondie de l'arbre vasculaire tel que la proportion de surface couverte par les vaisseaux sur la rétine, la largeur moyenne des vaisseaux, le nombre d'embranchements du réseau, la longueur de ce réseau, le nombre de segments composant cet arbre vasculaire et le nombre de segments terminaux dans la rétine et au niveau uniquement du front vasculaire.

Fonctionnalité du logiciel

Le logiciel permet de visualiser des images, de zoomer et de permettre une rotation afin de faciliter l’observation mais également dans le cas d’une analyse du front vasculaire de placer le front vasculaire en haut de l’image.

Retina analyser

L’utilisateur peut choisir de traiter une unique image ou bien la totalité des images présentes dans un répertoire. Cette dernière option permet aux chercheurs de réaliser de rapides analyses sur de grandes séries sans la moindre intervention. Une fois l’analyse réalisée, il est possible de visualiser le résultat de la détection sur les images. Une barre d’état avec cases à cocher permet de faire apparaître/disparaitre les contours des objets détectés pour une vérification du résultat.

Il existe également un menu offrant la possibilité aux chercheurs de corriger le résultat de la détection automatique. Ceci peut être le cas lorsqu’il y a la présence d’un artéfact important (poussières sur l’image, erreur de la détection automatique). Toutes les modifications appliquées sur les images seront directement répercutées dans le fichier résultats.cvs. Ce fichier contient tous les paramètres qui ont été calculés à partir de l’analyse d’image automatique que nous avons développée.

Lorsque l’analyse demandée est une recherche des caractéristiques de la rétine, il est possible d’obtenir le graphique de la distribution des trous intra-rétiniens (zones avasculaires), graphique paramétrable dans les menus.

Dans le but de faciliter l’utilisation de ce logiciel, un fichier d’aide au format HTML a été rédigé. Il est accessible à tout moment en passant par le menu « ? » qui permet son ouverture dans un navigateur internet .

Représentation de la distribution de la taille des trous intra-rétiniens

Extrait de l’aide énumérant les fonctions des menus et des boutons

Exemple de Résultats